Si se quiere cambiar el nombre a una colección, con el botón derecho se pulsa en la colección que se quiere renombrar y aparece una ventana emergente, se pulsa en “renombrar colección” y se introduce el nuevo nombre.

Para borrar una colección se actúa de la misma forma, con botón derecho se pulsa sobre la colección que se quiere eliminar, en la pantalla emergente se elige “Borrar colección”. Y aparecerá un mensaje de confirmación. Al borrar la colección no se borrarán los elementos de la colección, si se quiere borrar la colección y sus elementos "Borrar colección y sus elementos"

En la pestaña “Añadir referencias” de esta guía se ha visto cómo se pueden capturar las referencias para añadirlas a las distintas colecciones que se tengan creadas en Zotero.

En esta pestaña se indica cómo añadir a una colección referencias ya guardadas en Zotero. Se selecciona de la columna central la referencia y se arrastra hasta la colección de destino. De esta forma la referencia se añade a la colección que se ha indicado, pero no se elimina de la colección de origen. Una misma referencia puede estar en más de una colección.

Si lo que se quiere es borrar una referencia de una colección concreta, con el botón derecho se pulsa en la referencia a eliminar y en la ventana emergente se selecciona “Quitar elemento de la colección”. Se eliminará la referencia de esta colección, pero permanecerá en las otras colecciones en que se haya guardado puesto que una misma referencia puede estar en distintas colecciones.

También para borrar la referencia de una colección concreta se puede utilizar el botón suprimir, seleccionando la referencia previamente. Aparecerá un mensaje de confirmación.

Para eliminar una referencia de todas las colecciones se pulsa con el botón derecho del ratón sobre la referencia que se quiere borrar y en la ventana emergente se opta por “Mover elemento a la papelera” y se acepta el mensaje de confirmación.

De esta manera, la referencia se ha borrado de todas las colecciones de “Mi biblioteca”, trasladándose  a la papelera . Si se quiere recuperar, sobre la referencia eliminada de la papelera se pulsa botón derecho y se escoge “Restaurar a la biblioteca”. Si lo que se quiere es eliminarla definitivamente se elegirá la opción “Eliminar elemento”.

Si se borra un registro de "Mi bilioteca"  se borrará también en todas las colecciones en las que se haya guardado.

Se pueden buscar las referencias guardadas en Zotero de dos formas.

Mediante la búsqueda simple o rápida 

Se realiza la búsqueda en la caja que aparece en la barra de herramientas. A medida que se van escribiendo los caracteres, se quedan seleccionados los registros que coinciden con la búsqueda en la columna central. Si se despliega aparecen los campos en los que podemos buscar: “Título, creador, año”, “Todos los campos y etiquetas”, “Todo”. 

Mediante la búsqueda avanzada, a través del desplegable de la búsqueda simple.

En la ventana emergente podemos indicar diferentes criterios y condiciones de búsqueda. Permite guardar las búsquedas en “Guardar búsqueda”, en el que se tendrá que nombrar la nueva colección que contendrá las referencias de la búsqueda. Esta colección se guarda en la primera columna al final de todas las colecciones, y se distingue por tener una lupa sobre la imagen de la carpeta 

Se pueden incluir de forma involuntaria referencias duplicadas, Zotero detecta estas referencias. Si se pulsa sobre “Elementos duplicados” de la columna de la izquierda o primera columna (de colecciones), se muestran los que considera repetidos en la columna central o de referencias.

Al seleccionar un registro de la columna central, Zotero automáticamente selecciona los posibles repetidos. En la columna de la derecha aparece la pestaña “Fusionar” y el número de elementos a fusionar. Si existen diferentes versiones o cambios en la información, se puede elegir la información que se quiere conservar.

Se puede crear una relación entre referencias (un libro y sus capítulos, un libro y su reseña, distintas versiones de un trabajo, etc.).

Se selecciona la referencia que se quiere relacionar en la columna central y se pulsa en la pestaña de “Relacionado”  de la columna de la derecha, de metadatos. Se pulsa en “Añadir”  y se selecciona,del desplegable que se abre, la referencia con la  que se quiere relacionar de “Mi biblioteca” .

La colección “Mis publicaciones”  permite crear un listado de las publicaciones propias y compartirlas en nuestra página de perfil en zotero.org. Se encuentra en la columna de la izquierda, de colecciones, debajo de todas las colecciones que se hayan creado

Se pueden añadir notas en cada elemento e incluso compartir PDFs u otros archivos bajo la licencia que se especifique.

Sólo se pueden subir los trabajos de los que se sea autor e incluir archivos de los cuales se poseen los derechos para distribuirlos públicamente.

Las etiquetas o marcas, permiten organizar las referencias y localizarlas rápidamente por medio de palabras significativas, independientemente de la colección (carpeta) en la que se encuentren.

Cuando Zotero captura información que está indexada, se importan también los descriptores que tuviera, son las etiquetas auténticas, las etiquetas automáticas, pueden estar en otros idiomas. Si no interesa que se recuperen automáticamente se puede desmarcar esta opción desde Editar/Ajustes/General en “Etiquetar elementos automáticamente con palabras claves y encabezamientos de materia”.

El listado de etiquetas que tienen las referencias se muestra en la parte inferior de la columna de la izquierda, de colecciones.

Las etiquetas se pueden borrar, cambiar de nombre, dividir y asignarle un color pulsando con el botón derecho sobre la etiqueta que se quiere modificar.

A cada etiqueta con color se le puede asignar un número, del 1 al 9. De esta forma, al pulsar el número de la etiqueta, se puede asignar o eliminar una etiqueta determinada y relacionada con el número y color elegido, a una o varias referencias bibliográficas. 

Se mostrarán las etiquetas que se tengan asignadas a las referencias de la columna central.

Se pueden añadir etiquetas a una o a varias referencias, seleccionando de la columna central las referencias y arrastrándolas hasta la etiqueta que se quiera añadir en la columna de la izquierda.

Se puede buscar una etiqueta en el cuadro de búsqueda, situado debajo del listado de etiquetas, en la columna de la izquierda.

Desde el desplegable de la caja de búsqueda, se ven las distintas opciones que se pueden aplicar a las etiquetas. Deseleccionar todo, mostrar sólo las etiquetas automáticas, mostrar todas las etiquetas, o eliminar las etiquetas que se han generado automáticamente.

Para añadir una etiqueta a una referencia, se selecciona en la columna central la referencia (1), en la columna de la derecha aparecerán todas las etiquetas de esa referencia (2), si las tuviera. Se pulsa el botón añadir  (3) en la caja (4), al comenzar a escribir, y se muestran todas las marcas que empiezan por las letras que se están tecleando para que utilizar siempre la misma etiqueta.

Para eliminar la etiqueta de esa referencia basta con pulsar el botón (5) que se encuentra a la derecha de la etiqueta. Se eliminará la etiqueta de esa referencia.

Se pueden crear notas a las referencias (notas subordinadas) y también notas independientes, que formarán parte de la colección como una referencia más.

Para crear notas se pulsa el icono de la barra de herramientas y se señala si se desea crear una “Nueva nota independiente” o “Nueva nota de elemento”.  

En la nota de elemento se puede añadir cualquier anotación personal que pueda interesar.

La nota de elemento se puede crear también desde la columna derecha de metadatos, pulsando el botón Añadir .  o pulsando con el botón derecho la referencia a la que la queramos añadir y escogiendo la opción “Añadir nota”.

La nota independiente aparecerá como una referencia más (1). En la columna central, si se pulsa sobre el desplegable que aparece a la izquierda de la referencia (2) aparecen todos los adjuntos y notas subordinadas de esa referencia.

Se puede crear una nota directamente de una página web. Se selecciona el texto que se quiere copiar, se pulsa con el botón derecho del ratón y se selecciona “Zotero Connector”/”Guardar a Zotero”/” Create Zotero Item and Note from Selection”.

Se creará un registro de la página web con una imagen de su captura y el texto copiado como nota adjunta.

Los archivos se pueden añadir como elementos independientes o secundarios. Los archivos adjuntos independientes no pueden tener metadatos bibliográficos, por lo que no se pueden usar con muchas de las funciones de Zotero, citas, Mis publicaciones y la mayoría de los tipos de búsqueda.

Para guardar un archivo desde el ordenador, se localiza el documento y se arrastra hasta la columna central de Zotero o a la columna de la izquierda, dentro de la colección que interese.

También se puede añadir desde añadir adjunto  de la barra de herramientas                                                                                                                  o seleccionando la referencia de la columna central y con el botón derecho pulsar “añadir adjunto”.

Hay varias opciones para trabajar con un pdf  adjuntado a Zotero, entre ellas subrayar y añadir notas.

Se abre el documento, en la parte superior aparecen una serie de botones para poder trabajar sobre el texto. De Izquierda a derecha: "Resaltar texto", "Texto subrayado", "Anotación de nota", "Añadir texto", "seleccionar área", "Dibujar", "Color".   

 Además se tienen otras opciones para trabajar con el texto, se selecciona la parte del texto y se pulsa con el botón derecho, se abrirá una ventana emergente con las distintas opciones.

Se puede subscribir revistas científicas mediante sindicación de contenidos RSS Feed para generar un vaciado o alerta de artículos. Desde la revista de interés, se copia la URL de RSS Feed.

Desde Archivo, Nueva biblioteca,  se pulsa sobre el despegable, "Nuevo canal" y se elige la opción "Desde URL". Se pega la dirección de la revista que previamente se había copiado, el título de la revista aparecerá de forma automática y se pulsa en guardar. Se puede utilizar el desplegable  "Opciones Avanzadas" si se quieren modificar lo valores por defecto de los tiempos de actualización o eliminación de los elementos del canal tras ser leído. 

Debajo de "MI biblioteca"  y de "Bibliotecas de grupo" , aparece una colección llamada "Canales". 

Se puede actualizar el canal o cancelar la subscripción. Se pulsa botón derecho sobre el canal interesado y se elige lo que se quiere hacer, actualizar o cancelar la subscripción.

Si un pdf que se haya recuperado contiene metadatos y no se han extraído directamente al bajarlo, se pueden recuperar. En la columna central de Zotero se selecciona el pdf del que se quieran recuperar los metadatos, se ve que la columna de la derecha, de metadatos está vacía.

Botón derecho del ratón y se pulsa sobre “Recuperar metadatos”. Se visualizará una ventana de recuperación de los metadatos del pdf que se pueden ver en la columna de la derecha

Si se quieren eliminar los metadatos recuperados se pulsa en “deshacer recuperar metadatos”.

Si no fuese posible recuperar los metadatos o se quisiera recuperar manualmente: "crear elemento contenedor"

Zotero avisa si se añaden  publicaciones que han sido retractadas, es decir, que fueron retiradas de revistas científicas una vez publicadas, bien por errores imprevistos o por fraudes. La verificación se hace automáticamente, mediante su asociación con Retraction Watch (proyecto creado por Adam Marcus e Ivan Oransky; mantiene una base de datos de los artículos que han sido retractados).

En Mi biblioteca  se creará un apartado con las publicaciones que han sido retiradas: Elementos retirados . Todos ellos vienen precedidos por una X roja.

Para obtener más información sobre la retirada de la publciación, desde la columna central se pulsa sobre la referencia y en la columna de la derecha aparece la información y detalles sobre la retractación.