Zotero se estructura en una barra de herramientas (4) y 3 columnas (1,2,3). De forma que las referencias se presentan de una manera clara y sencilla. Zotero web presenta la misma estructura en columnas.
Columna de colecciones.
Para la organización de los registros bibliográficos se crean carpetas y subcarpetas, que en Zotero se llaman colecciones.
Todas las carpetas cuelgan de la carpeta principal llamada “Mi biblioteca” 
. Para crear una carpeta (colección) con el botón derecho situado sobre , se pulsa "nueva colección" 
y se actúa de la misma forma para crear subcarpetas o subcolecciones situándose encima de donde se quiere crear una nueva carpeta. (Para más información ver "Crear colecciones" en Gestión de las referencias).
En esta misma columna, debajo de las colecciones, están los grupos que se se han creado o en los que se está incluido 
. Debajo los descriptores, marcas o etiquetas que ya tienen las referencias que bajemos de catálogos o bases de datos o las que se vayan creando.
Columna central
Contiene los registros bibliográficos, las referencias, que permiten tener adjuntos documentos pdf o fotografías.
Columna de la derecha (de metadatos)
Aparecen los campos o metadatos (tipo de referencia, autor, título, año, etc.) de una referencia.
Se pueden añadir campos o modificarlos y añadir notas y etiquetas que aparecerán adjuntas a las referencias.
La barra de herramientas se sitúa en la parte superior de Zotero. Indica qué es cada icono cuando se sitúa el ratón sobre él.
Nueva colección. Añadir una nueva carpeta.
Nueva Biblioteca. Crear grupos y fuentes RSS.
Nuevo elemento. Añadir referencias manualmente.
Añadir elemento(s) por identificador (ISBN, DOI, PMID).
Nueva nota. Insertar nota.
Añadir adjunto.
Búsqueda avanzada, dentro de la colección de registros bibliográficos.
Búsqueda simple
Sincronizar con Zotero.org.
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