Algunas bases de datos son incompatibles con la opción de importación directa a través de Zotero conector. En estos casos, se deben exportar los registros que interesen a un archivo (en formato RIS, BibTex, Zotero RDF, etc.) del ordenador e importar dicho fichero a Zotero. El formato de salida se recomienda RIS o Bib Tex.
Una vez exportadas las referencias a nuestro ordenador, desde Zotero se pulsa en Archivo/importar, en la pantalla emergente se señala “un archivo (Bib Tex, RIS, Zotero RDF, etc.)”, y siguiente. Se selecciona del ordenador el archivo que se quiera importar y se elige el lugar donde lo recogerá Zotero. Las referencias se guardan en una colección con sello de fecha.
También se puede importar a Zotero desde el lugar del ordenador donde se haya guardado la exportación de la referencia. Se selecciona el archivo, en la barra de herramientas aparece la Z de Zotero 
se despliega y se selecciona Zotero. En una ventana emergente pregunta si se quiere optar por guardarlo en una nueva colección de Zotero o, si no se marca esta opción, se guardará en la colección que esté abierta.
Importar de Mendeley
Para importar de Mendeley, se selecciona del menú Archivo/importar, se señala Mendeley, se escoge la base de datos de Mendeley a importar y se indica si se quieren recoger en una nueva colección.
Una vez realizada la búsqueda en ÍnDICEs del CSIC, se seleccionan los documentos o las referencias que interesan exportar, se pulsa sobre exportar. Se abre una ventana en la que se elige el formato de salida. Se recomienda el formato RIS o Bib Tex que son formatos compatibles con los gestores bibliográficos. Se pulsa exportar y se guarda en el ordenador en el lugar que se escoja.
Una vez finalizada la búsqueda en Dialnet, desde la lista de resultados se seleccionan los registros que se quieren exportar. Se pulsa el botón 
.
Aparecen los registros seleccionados y se indica el tipo de formato de exportación. Se recomienda la utilización de RIS o Bib Tex. Se guardan en el ordenador en el lugar que se quiera.
Una vez realizada la búsqueda en Scopus, desde la lista de resultados se marcan las referencias que se quieren exportar, se observa que el botón “Ris export” 
(aparecerá el botón con el último formato escogido), antes desactivado, se activa. Si se pulsa sobre él se exportarán las referencias directamente en formato RIS (o en el formato que tenga el botón) en el lugar que se escoja del ordenador. Al pulsar en el desplegable, se abre una ventana en la que se puede escoger el formato de exportación y también se puede elegir la información que interesa guardar. Se pulsa el botón “Export” y el archivo se guarda en el ordenador.
Una vez finalizada la búsqueda en Web of Science, desde la lista de resultados se seleccionan los registros que se quieren exportar. Al pulsar sobre “Export” se abre un desplegable y se escoge el formato en que se van a guardar. En la nueva ventana se indica si se quiere exportar con resumen, o sin él, y se elige el lugar que en que se alojan dentro del ordenador.
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