Mendeley Reference Manager organiza automáticamente las referencias en las siguientes colecciones:

• Recently Added: muestra las referencias añadidas a la biblioteca durante los últimos 30 días.
• Recently Read: muestra las referencias de los PDFs abiertos durante los últimos 30 días.
• Favorites: marcando la estrella junto a la referencia, ésta se añade automáticamente a la colección de Favoritos.
• My Publications: esta colección muestra las publicaciones que se hayan reclamado a través del Scopus Author Profile.
• Trash: papelera. Muestra las referencias eliminadas de la biblioteca.

Las colecciones personalizadas ofrecen una forma rápida de organizar las referencias de la biblioteca.

Cualquier referencia añadida a una colección seguirá apareciendo en la colección All References. Al añadir una referencia a una colección en Mendeley no reubica la referencia en sí, sino que actúa como una especie de etiqueta para esa referencia. Esto significa que se puede añadir la misma referencia a varias colecciones, según sea necesario, y que las colecciones se pueden eliminar cuando ya no las necesitemos sin que ello afecte a las referencias que contiene.

Desde Collections, para crear una nueva colección hay que pulsar en New Collection y hay que asignar un nombre a la nueva carpeta.

Para añadir una referencia a una colección, se selecciona desde el panel principal y se arrastra a la colección deseada en el panel izquierdo.

Pulsando con el botón derecho del ratón sobre el nombre de la colección, se puede:

• Rename: renombrar la colección.
• Delete: eliminar la colección. Esto no borra las referencias, que seguirán apareciendo en All References.
• Make Available Offline: descarga las referencias para que estén disponibles sin conexión. 
• New Collection: crea una nueva subcolección dependiente de ella.

En la parte central muestra todas las referencias y al seleccionarlas ofrece las siguienetes opciones:

1. Organize: añadir la referencia o eliminarla de una colección o grupo.
2. Mark as: marcar o desmarcar la referencia como favorita.
3. Export: exportar la referencia a los formatos BibTeX (*.bib), EndNote XML (*.xml), Microsoft Word (*.xml), RIS (*.ris).
4. Delete: eliminar referencia .

Podemos recuperar referencias realizando una búsqueda en la colección.
Para ello hay que introducir el término de búsqueda en la caja de la parte superior derecha y Mendeley Reference Manager ofrecerá los resultados encontrados en los campos título, autor, año o fuente de la referencia.

Busca en la colección que esté abierta y a la vista en ese momento. Si se quiere buscar en toda la biblioteca, hay que seleccionar la colección All References.

Desde el menú filtrar se pueden filtrar referencias por autores y por etiquetas.

• Autores: muestra el índice alfabético de los autores de todas las referencias.
• Etiquetas: permite añadir etiquetas a las referencias para agruparlas fácilmente. Hay que seleccionar la referencia en la que se quiere añadir una etiqueta, y pulsar en el icono '+' junto al campo TAGS que se encuentra en el panel de detalles del documento.
• Para recuperar las referencias etiquetadas hay que ir a la opción 'Filter by' que aparece en la esquina superior derecha de Mendeley Reference Manager

Para añadir un documento (por ejemplo, un PDF), a una referencia ya existente en nuestra biblioteca, hay que pulsar en la opción  '+' de la opción 'Files' en el área de los metadatos de la referencia y, a continuación, en la ventana del explorador se seleccionará el fichero correspondiente.