Esta forma es probablemente la más utilizada por la mayoría de usuarios. Para poder utilizarla es necesario instalar el Web Importer, en la versión web. Se trata de un botón que se acopla a la Barra de Marcadores del navegador.

Una vez instalado, cuando se tengan uno o varios artículos que interesa guardar, hay que pulsar en el botón Save to Mendeley pulsando en el icono  de la barra de herramientas del navegador, o bien pulsando Win+Shift+S en Windows / Cmd+May+S en Mac / Super(Win)+Shift+S en Linux.
Se abrirá una ventana con los artículos que están en la página web en la que se está navegando, después hay que seleccionar los que interesen y pulsar en Save All, o bien de uno en uno con Open in Mendeley.

Aquellas referencias con texto completo suscrito o en acceso abierto, aparecen indicadas con el marcador PDF. Si se quiere que los PDFs se añadan automáticamente, hay que seleccionar la opción Add PDFs if available.

Se puede seleccionar la colección del grupo en los que se importarán las referencias. En caso de no hacerlo, aparecen en la carpeta Recently Added de nuestra biblioteca.

Algunos recursos no permiten el uso de la herramienta Web Importer por lo que la importación a Mendeley de referencias se hace mediante un  archivo RIS o BibTeX.

Los archivos RIS (.ris) y BibTeX (.bis) , son archivos de texto plano (similar a un .txt) que pueden contener datos de una o de varias referencias bibliográficas. Su formato se acepta en diversos softwares bibliográficos para exportar e importar datos. 

En primer lugar se realiza la búsqueda y se seleccionan los resultados que interese exportar a la biblioteca de Mendely. Se pulsa sobre la opción Exportar y se selecciona el formato RIS o BibTeX.

Añadir referencias desde un archivo
Mendeley Reference Manager facilita la importación de archivos BibTeX, RIS y EndNote XML.

1. En Mendeley, hay que abrir el menú Add new.
2. Se selecciona la opción Import Library.
3. Se selecciona el formato correspondiente al archivo que se ha generado en el paso anterior. Se selecciona el archivo descargado previamente y automáticamente se incorporará a la colección.

Para revisar las referencias incorporadas se puede ir a la carpeta Recently Added.

Mendeley también permite la creación manual de referencias para aquellos casos en los que no dispongamos de la posibilidad de capturarlas de la web o desde un documento PDF, como los libros u otro tipo de medios.

1. Se selecciona +Add New'.
2. A continuación la opción Add entry manually'.
3. Se completan los campos seleccionando, en primer lugar, el tipo de documento para que aparezcan los campos específicos de esa tipología documental.

Se puede utilizar un DOI, PMID o ID de ArXiv para buscar los detalles de una referencia. Se introduce el identificador en el campo correspondiente y se pulsa en la lupa. El sistema busca el artículo en el Catálogo de Mendeley y devuelve los metadatos proporcionados por otros usuarios. Si la referencia no se encuentra en el Catálogo de Mendeley, los detalles se recuperarán directamente del servicio de identificación correspondiente

Mendeley permite añadir referencias desde un documento pdf.

1. Se selecciona del menú la opción +Add New. 
2. A continuación se selecciona la opción File(s) from computer y el documento PDF específico guardado en el ordenador

Arrastrar y soltar
Podemos añadir documentos a Mendeley arrastrando y soltando un PDF en la ventana de Mendeley Reference Manager. Mendeley extraerá automáticamente los metadatos del documento y creará una entrada en la biblioteca. También se pueden arrastrar y soltar múltiples documentos a la vez.

Mendeley nos permite buscar referencias y documentos en el catálogo general formado a partir de todas las referencias utilizadas por los usuarios del gestor bibliográfico.

Para ello hay que acceder a la página web e iniciar sesión desde Sign In.

También se puede acceder desde la versión de escritorio de Mendeley Reference Manager a través del menú Tools /Search for articles online.

En el cajetín de búsqueda hay que introducir los términos deseados.

Desde pantalla de resultados se puede ver:

1. Caja de búsqueda con el término introducido.
2. Número de resultados.
3. Opciones para filtrar los resultados: año, tipo de documento, revista, autor, tipo de acceso.
4. Opciones de ordenación de los resultados: más relevantes, más recientes y más citados.
5. Resultados: en cada uno de ellos, se muestran sus datos bibliográficos, número de citas, número de lectores (usuarios de Mendeley que lo han incorporado a su colección) y las diferentes opciones: añadir a la biblioteca, conseguir el texto completo, ver el pdf y documentos relacionados (sugerencias).
   Hay que tener en cuenta que la incorporación del pdf o texto completo depende de la disponibilidad del mismo, si es de acceso abierto o está suscrito por la Biblioteca. Si no está disponible el texto completo solamente se podrán incorporar las referencias.

Se podrá añadir la referencia que interese pulsando sobre el botón "Add to library".

La referencia aparecerá en la biblioteca personal en la colección Recently Added, desde donde se podrá mover a alguna de las colecciones personalizadas.